Õpe Otepää Gümnaasiumis toimub moodulsüsteemis, kus ainekursusi õpitakse üldmooduli, valdkonnamooduli ja valikainete mooduli raames. Õpilase minimaalne õppekoormus gümnaasiumiõppe jooksul on 96 kursust. Õpilane võib läbida rohkem kursusi, kuid kool ei eelda suurema hulga kursuste läbimist. Ühe ainekursuse maht õpilase jaoks on 35 tundi õppetööd.
Tunnijaotus gümnaasiumis
| Ainekursused | 10.klass | 11.klass | 12.klass | kokku |
| Üldmooduli kursused | 29 | 28 | 24 | 81 |
| Valdkonnamooduli kursused | 2 | 2 | 3 | 7 |
| Valikainete mooduli kursused | 2 | 3 | 2 | 7 |
| KOKKU nädalas | 33 | 33 | 29 | 95 |
| Õpilastöö koostamine | 1 | |||
| Õppekoormus KOKKU | 96 |
